La disciplina deportiva será ejercida por la comisión disciplinaria. Está compuesta por tres miembros: uno en representación de la división profesional y uno de la división aficionada. El tercer miembro será elegido por el Comité Ejecutivo de la Federación.

Estos son los miembros actuales de la Comisión Displinaria de la FCF. 

DR. SANTIAGO PÉREZ BUITRAGO

DR. PEDRO ALONSO SANABRIA BUITRAGO

DR. MIGUEL FERNANDO CÓRDOBA ANGULO