Colombia presenta saldo favorable en sus presentaciones contra Japón en torneos oficiales. En dos ocasiones se han enfrentado y el equipo nacional tiene como saldo un triunfo y un empate, con un gol a favor y ninguno en contra.

La primera vez que se cruzaron fue en la sexta versión de la Copa FIFA Confederaciones celebrada en Francia en el 2003. El 22 de junio de ese año, Colombia derrotó 1-0 a los nipones en juego disputado en el Estadio Geoffroy-Guichard de la ciudad de Saint Etienne. El autor del gol fue Giovanni Hernández, en el minuto 68.

El equipo dirigido por Francisco Maturana empleó la siguiente alineación: Óscar Córdoba, Gonzalo Martínez, José Mera, Mario Yepes, Gerardo Bedoya , Oscar Díaz sustituido por Arnulfo Valentierra, Jorge López Caballero, Giovanni Hernández, Jairo Patiño, Víctor Hugo Aristizábal y Eudalio Arriaga sustituido por Gerardo Vallejo 76.

El segundo partido se jugó en territorio nipón y correspondió a la tradicional Copa Kirín en el 2007. El 5 de junio en el estadio de Saitama, Colombia y Japón igualaron sin anotaciones.

El equipo nacional dirigido por Jorge Luis Pinto, hoy entrenador de la selección de Costa Rica, jugó con los siguientes jugadores: Agustín Julio, Javier Arizala, Amaranto Perea, Mario Yepes, Gerardo Vallejo, Fabián Vargas, David Ferreira, Vladimir Marín, Yulián Anchico, Sergio Herrera y Edixon Perea. También hicieron parte del partido Jaime Castrillón, Juan Carlos Escobar, Jorge Banguero, Hugo Rodallega y Falcao García.

El único participante de ambos duelos que hoy es integrante del combinado nacional en la Copa Mundo de Brasil 2014 es Mario Yepes.