La disciplina deportiva será ejercida por la comisión disciplinaria. Está compuesta por tres miembros: uno en representación de la división profesional y uno de la división aficionada. El tercer miembro será elegido por el Comité Ejecutivo de la Federación.

Estos son los miembros actuales de la Comisión Displinaria de la FCF.

• Dr. Julián Camilo Cardona
• Dr. Luis Felipe Henao
• Dr. Jorge Jaeckel